二者的關(guān)聯(lián)在于：報(bào)告基因都可以看做是標(biāo)記基因。報(bào)告基因也有標(biāo)記的作用，標(biāo)記目的基因是否成功轉(zhuǎn)化的作用，但是它們又有著各自的特點(diǎn)。
標(biāo)記基因通常用來檢驗(yàn)重組DNA載體轉(zhuǎn)化成功與否，或者檢測(cè)目的基因在植物細(xì)胞或組織中的定位。常用的標(biāo)記基因是一些抗生 素抗性基因，如卡那霉素抗性基因、潮霉素標(biāo)記基因等。而作為報(bào)告基因，在遺傳選擇和篩選檢測(cè)方面必須具有以下幾個(gè)條件：
1、已被克隆和全序列已測(cè)定；
2、表達(dá)產(chǎn)物在受體細(xì)胞中不存在，即無背景，在被轉(zhuǎn)染的細(xì)胞中無相似的內(nèi)源性表達(dá)產(chǎn)物；
3、表達(dá)產(chǎn)物唯1，對(duì)受體細(xì)胞無-毒，并且能進(jìn)行定量測(cè)定。目前常用的報(bào)告基因有氯霉素乙酰轉(zhuǎn)移酶基因(cat)、熒光素酶基因(luc)、β-葡萄糖苷酸酶基因(gus)、分泌型堿性磷酸酶基因(seap)、綠色熒光蛋白基因(gfp)等。